　奈良時代に創建されたと伝えられる由緒あるお寺です。御本尊の薬師瑠璃光如来は17年に一度御開帳される秘仏として本堂に納められています。
　この寺に伝わる薬師如来縁起によると、尊像は和銅年間（708-15、奈良時代初期）に、（現在の宇頭南町にあった）神の御手洗御立笠取の池から光を放ってこの世に現れになった。この池に住んだ豊阿弥長者が念持仏とされたが、後に僧行基を開祖として和志王山薬王寺を創建され納められた。そして、子孫代々相続された。
　時は経って淳和天皇天長6年（829、平安時代）春に疱瘡が流行した。長者の子も重い疱瘡を病んだ。そこに、何処からともなく僧が現れた。瑠璃の壺から取り出した薬を子に含ませ、子の五体をさすると病は癒えた。僧は子が遊んでいた銭輪を貰い受け、首にかけて退出され忽然と消えられた。長者は薬師のご利益と気付き尊像をお参りすると、御首に銭をかけ、御身体には疱瘡の痕が残っていた。長者は、我が子の身代りになられた尊像をますます崇敬された。
　さらに時が経ち、天文18年の戦い（戦国時代、1549年にあった織田信秀と今川・松平の安祥城を巡る戦い）により寺が焼かれ、長者の子孫も絶えてしまわれた。
　元和2年（1616、江戸時代初期）4月、村人たちが豊阿弥長者らの墓を、この地に移そうとしたした際に、土中より御首に銭をかけた尊像を掘り出した。不思議なご縁を感じた村人たちは心を合わせ、御堂を造営した。このように記されています。
　なお、薬王寺本堂は、古墳時代中期の前方後円墳・宇頭大塚古墳の後円部に造られています。今は後円部以外は削られ、原形を留めていません。昭和34年岡崎文化財研究会の調査によると、その規模は、周濠を含めた全長約70m、後円部径約30mと推定されています。
　和銅年間にこの地に住まわれた豊阿弥長者は五十狭城入彦皇子（いさきいりひこのみこ）の子孫と伝えられています。古墳時代中期にこの地に勢力のあった皇孫の古代豪族の子孫が、奈良時代に和志王山薬王寺を建立されたと考えられます。古い歴史を持つ宇頭町の人々が先祖代々崇敬し、お守りしてきた町が誇れる文化財、それが薬王寺と宇頭大塚古墳です。