　平安時代に書かれた「延喜式神名帳」に遠江六十二座。敷智郡六座の一つとして記載されており、千年以上の古社である。明応7年（1498）の地震津波では、浜名湖の湖口が切れて「今切」となり、舞澤（舞坂）の郷は、人家と共に水中に埋没した。満目荒涼たる砂丘上の柳の根本に「岐佐大明神」の小祠を見つけ、住民は社殿を建立して祀った。これが現在の御鎮座の地である。
　無事難を逃れた住民は、付近の松原に部落を作り、現在の舞坂待ちのもとをなした。これを「三十六屋敷」という。天正2年（1574）以来、数次の本殿・拝殿　再建の棟札を保存している。慶長6年（1601）伊奈忠次公より、御神領3石、慶安元年（1648）徳川家光公より御朱印状により、神領5石を奉献され明治維新に至る。明治6年（1873）郷社に列し、大正9年（1920）神饌幣帛供進社となる。現在の社殿は大正元年（1912）の造営である。

　古事記に登場する「因幡の白兎」に続くお話です。大国主命は兄弟達と恋争いの末、八上比売と結婚の約束をします。恋に破れた兄弟達は、大国主命を手間山に呼び出して殺そうとはかり、「山の上から猪を追い降ろすから、山の下で捕らえろ」と言いつけて、真っ赤に焼いた大石を、転がり落としました。この大石を抱きとめた大国主命は、大やけどを負い、命を落としました。これを知って悲しんだ母神は、天上の神皇産霊神（かみむすびのかみ）に命乞いをされます。
　神皇産霊神は、娘神で岐佐神社の御祭神である「蚶貝比売命・蛤貝比売命」に言いつけて、大国主命の治療に当たらせます。蚶貝比売命（赤貝の神）は貝殻を削って白い粉末を作り、蛤貝比売命（蛤の神）は、粘液を出して練り合わせ、どろどろした母乳のようなものを作り、大国主命の全身に塗りました。すると火傷はすっかり治り、大国主命は雄々しい姿によみがえったのです。
　出雲神話と岐佐神社とは、このようなかかわりがあり、ここに「赤いし」が祀られています。御祭神が海に関係するところから、水産・漁業の神であると共に、この神話に因んで、火傷・病気にも霊験あらたかと信仰を集めています。