建武元年（1334）、右大臣久我長通が後醍醐天皇の勅使として富士山本宮浅間大社へ下向し、鎌倉倒幕の戦勝報告と平安祈願をした。その帰途、長通は大晦日でにわかに仙痛の発作を起こし、付人・里人の看護のかいなく急逝。遺言により祠が建てられ、長通が敬った菅原道真とともに祀られた。これが芭蕉天神宮の起こりと言われている。