　慶安2年（1649）僧玄龍開基、道場を開き竹林坊と号し、宣和法王より佛像を受く。正徳3年（1713）二世了悦、木仏安置、寺号公稱を許さる。寛保3年（1743）三世示教、本堂再建。寛政6年（1794）四世恵観、本堂改修。
　シーボルト善性寺を訪ねる
　文政9年4月善性寺第五世僧恵教のときオランダの医師で博物学者シーボルトが江戸からの帰途善性寺を訪ねている。そのときの見聞「シーボルト江戸参府紀行」に「かねてより植物学者として知られている僧恵教のもとを訪ね、スイレン、ウド、モクタチバナ、カエデ等の珍らしい植物を見物せり」云々とある