　本社の創祀は、康和元年大江国房の書に、嘉祥3年（851）甲賀郡喜多牧大野村開村喜多兵官が、坂本の日吉神社、八王子社（牛尾山）より分霊を頂き、この地に奉斎したと伝えられている。
　勧請の時、江染寺の庭内の銘木を境内に移し其の名をとってこの地を「花の木」と称し、社号を「花木堂」あるいは「八王子」さんと呼ばれている。喜多兵官の子孫常に座頭して、この地に永住しお宮の祭りを奉仕する。
　本社の社殿は、天文6年に建てられ、元文2年、延享2年（1740）に再建され現在にいたる。社号は古くは「花木堂」と称し、中世には「八王子社」と称し、明治26年「花木神社」と称するようになった。
　武門藩主の崇敬は厚く、元禄11年遠藤但馬守、春秋の祭りには御湯を献上す。
　元文元年代官多羅尾民部、弓矢を献上し武運長久を祈った。
　また、延享2年、地頭内藤加賀守、造営費を寄進、慶応3年、川越城主松平氏より社額を献上されている。
　明治9年村社に列し、明治41年神饌幣帛供進社に指定される。
　昭和21年3月、宗教法人「花枝神社」として登録される。