　当神社の創めは白鳳元年（673）に、日吉宮と称して大己貴命をお祀りしていた。この山王の社地に、建久年間（1190-99）源頼朝が上洛の折、鎌倉鶴ヶ岡八幡宮の御分霊を合祀し社名を若宮八幡宮とした。多くの神田が寄進された。中世、近世に亘り京都の公家飛鳥井大納言は、荘園として柏木御厨を営み、その縁をもって末裔は当神社の社家として仕えた。また、当神社はこの柏木御厨の惣社として神田三町分を有し、その影響は周辺16ヶ村に及んだ。天正8年（1580）織田信長の軍勢が当地を攻めた時、楼門は安土の惣見寺に移築され、銘木は持ち去られ、宝物古文書と主要建物は焼失した。寛永9年（1632）に水口碧水城が築城された期に、城主加藤氏が当社を守護神として崇め、以後歴代城主の祈願所となった。承応4年（1655）水口城代の山口但馬守は、本殿、楼門を修復し、石燈籠、手水鉢を寄進した。明治4年、社名を御厨の地名を採り柏木神社と改めた。昭和20年、旧社格の県社に昇格した。