　酒匂神社の原神は、大和朝末期（650頃）大和朝から派遣された統治者が守護神として「八幡社」を祀ったのが最初であり、この頃、高麗民族が渡来して、先進文化、特に棚織（はたおり）を広め「棚機社（七夕社）」等も祀られていた。
　平安末期（1130頃）後鳥羽上皇が箱根権現に、酒匂郷48町歩を寄進した。その後、安久5年（1149）に、箱根権現の富士上人参朝が、寄進された地「免耕地（現在地）」に、箱根権現を勤請し「駒形社」を祀った。
　その駒形社についての記述は、貞和2年（1346）の「古文書」に小田原松原大明神と並んで酒匂駒形として初めて登場している。「新編相模風土記稿」には天文22年（1553）7月2日に岡部出雲守廣定と酒匂郷檀那（小島左衛門太郎正吉）が、それぞれ懸仏（銅鏡）を寄進し、そこに駒形大権現と記されている。「小田原衆所領役帳」にも北条幻庵（早雲の子）の所領として40貫250文酒匂駒形分とある。また先の「風土記稿」に元和7年（1621）に城主の阿部備中守正次が5石を寄進したとされている。
　その後、明治初年に始まるさまざまな神仏分離令により、近くの八幡社を、明治10年4月に駒形社の場所に移して酒匂神社とした。祭神を伊弉諾尊、伊弉冉尊。駒形社の祭神、うがや葺不合尊とさだめ、八幡社、金山社、諏訪社、十二天社、白山社、雷電社、明神社、山王社、七夕社も合祀した。
　例祭は、7月7日に駒形社・八幡社の神輿が村中を巡行していたが大正末期に4月7日に変更した。