　古くは相模一の宮の寒川比古命の御分霊を祀って、寒川神社と呼ばれていた。しかし、創立年代は詳しくは分からない。
　鎌倉幕府によって記録された「吾妻鏡」によると、源義経は兄頼朝の勘気を受け、文治5年（1189）閏4月30日、奥州（岩手県）平泉の衣川館において自害されたその首は、奥州より新田冠者高平を使いとして鎌倉に送られた。高平は、腰越の宿に着き、そこで和田義盛・梶原景時によって首実検が行われたという。伝承では、弁慶の首も同時に送られ、首実検がなされ、夜の間に二つの首は、此の神社に飛んできたという。このことを鎌倉（頼朝）に伝えると、白旗明神として此の神社に祀るようにとのことで、義経公を御祭神とし、のちに白旗神社と呼ばれるようになった。弁慶の首は八王子社として祀られた。