　本神社の勧請年月日は詳らかでないが、大同・弘仁の頃近江の国の日吉神を当所に移し勧請したと伝へる。又、風土記稿によれば、天平年中僧良弁の勧請なりという。元禄四年辛未社殿を再建し、山王権現と称した。　当時徳川幕府朱印高壱石五斗であった。
　明治2年6月、日枝神社と改称し、当時の例大祭は3月3日で、競馬神事神楽を奉納し、6月22日と12月2日には年の市を執行した。
　明治6年発酉7月、字和田内鎮座の熊野神社 (朱印高二石)と、字石倉上鎮座の白山社を合祀し、上粕屋神社と改称した。
　更に、昭和39年4月、字峯岸鎮座の御嶽神社を、昭和41年10月、字秋山鎮座の五霊神社を合祀して現在に至っている。