　真言宗豊山派宝珠山普門院薬師寺と号す。創建は寛永9年（1632）、開山は賢明法師と伝えられる。常陸国水戸在の根本村の佐右衛門が、先祖伝来の不動明王を背負い、諸国遍歴の途次、この地に錫を止め賢明と共に一寺を建て、不動明王を本尊として不動院を開き、仏道に精進した。のち、当地にあった薬師如来を安置する仏堂を付属堂とし、近隣に同名の寺院あるともって薬師寺と改称した。
　元禄元年（1688）9月8日没の助左衛門の位牌を代々供養しているが、この裏面に田畠9反3畝を寄付したことを誌してある。この田畠が寺の維持に寄与すること大きなものがあった。
　薬師堂の薬師如来は眼病に効験あり、水戸光圀江戸参府の折、眼の痛みを治したと伝えている。堂の正面上部の「医王堂」の扁額は千住の接骨院、名倉氏初代の書である。また、堂内には絵馬が多数ある。
　弘法大師霊場荒川辺八十八ヶ所霊場第52番、荒綾八十八ヶ所霊場第19番、弘法大師二十一ヶ所霊場第15番の札所である。
　また、境内から出土した文正2年（1467）銘阿弥陀三尊板碑を保存している。（足立区教育委員会）