　伏見御堂は桃山時代の慶長年間に東本願寺の第12代法主・教如が創建しました。本堂は徳川家康の居城・向島城の殿舎の遺構を改築したものと伝えられ、大正4年（1915）刊行された「京都府紀伊郡誌」に、寺域は徳川家康の寄進によるもので、蓮池を埋めたことから蓮池御坊とも呼ばれたと記されています。ここを拠点にして教如は家康に働きかけ、七条烏丸に広大な寺領を寄進され、本願寺から東本願寺を分派独立することに成功しました。
　幕末の慶應4年（1868）1月2日、鳥羽伏見の戦いが始まる前日夕刻、会津藩の先峰隊約200名が伏見京橋に上陸、ここ伏見御堂を宿陣としました。翌3日、薩摩藩との間で小競り合いをしている最中の午後4時頃、鳥羽方面から聞こえる一発の砲声に触発され、御香宮の東の高台に据えた薩摩藩の大砲が火を噴き、伏見奉行所を攻撃したことから、伏見の町でも戦いが始まりました。本堂の畳を盾に鉄砲の撃ち合いがあったともいわれ、建物は大きな損害を受けたと伝えられています。そのため、創建当初、建物は東向きに造られましたが、明治18年（1885）に南向きに縮小して建て替えられました。平成2年（1990）に建物は老朽化のために取り壊され、現在は大銀杏・鐘楼・山門が残されています。