　関ヶ原の戦いに勝利した徳川家康は、関ヶ原の戦いの翌年、慶長6年（1601）、東海道を制し、湖上の船運を抑える目的で、現在の膳所城跡公園（膳所崎）に膳所城を築城させました。築城計画は藤堂高虎が担当し、それまで膳所崎に流れていた相模川を北方に付け替えたといいます。はじめのお城は、本丸と二の丸、三の丸が分かれていましたが、寛文2年（1662）の大地震でお城が大きな被害を受け、それまで分かれていた本丸と二の丸を合体させ、東西が最大80間、南北最大約55間の規模を持つ本丸として再生しました。本丸の跡は、現在、膳所城跡公園となっています。また、それまでの三の丸が二の丸となり、現在は浄水場となっています。江戸時代、東海道を旅する人たちにとって、湖水に写る天守閣はひときわ美しかったらしく、多くの絵に膳所城は描き残されています。
　現在の膳所城跡公園北側に位置していた天守閣の規模は最上層が3間四方、その下が4間四方、さらにその下が5×6間、最下層が7×8間だったそうです。
　城主（膳所藩主）は、初代が戸田一西、以後、戸田氏鉄、本多康俊、本多俊次、菅沼定芳、石川忠継、石川憲之と続き、慶安4年（1651）本多俊次が再度の任に就いて以降は、本多家が代々城主を歴任しました。