　当神社は壬申の乱（672）があって3年後の白鳳4年（675）に天武天皇が、宇佐八幡の御神託「近江の湖水の辺り粟津に、我が子仁徳を祀り崇敬すべし」により、ここに当神社社殿を造営されることになり、この浦（湖辺）上下八丁（約800m）での殺生を禁じられ、以後漁夫は恐れてここを特別の浦（別浦）と云い、のちに別保と呼び、現在もこの地域の地名として残り翌年（676）8月（9月）15日放生会が行われました。
　当神社の社殿等が完成したのは、4年後の白鳳8年（679）で九州の宇佐八幡宮の次に古い八幡宮で、当初は粟津の森八幡宮、のちに若宮八幡宮となり、明治から若宮八幡神社となりました。
　ところで当神社の社殿等は延喜17年（917）雷のために全焼、その後、寿永3年（1184）源頼朝と木曽義仲の粟津の合戦でまたも全焼。勝った源頼朝が社殿等を再建。更にこの社殿等も応仁の乱（1467）の兵火で焼滅しました。
　しかしその後、立派に復興され、膳所城の築城後は歴代城主、本多公が寄進し、社殿を始め境内建物の修繕等を行ってこられました。
　境内には皇大神宮を始めたくさんの摂社・末社が奉祀されておりますが、これは当神社の歴史が古く、この間に多数の氏子が奉仕崇敬され、極めて霊験あらたかな氏神さまであることを示しております。