　当寺は鎌倉前期の貞永元年（1232）に天台宗の道場として、現在地に天台僧智観により創建され、號稱寺と称した。
　嘉禎元年（1235）真宗の開祖親鸞聖人が関東より京への途路大衆の為に当寺にて法を説かれ、以来しばしば逗留された。
　このような履歴のもと本願寺第8代門主蓮如上人も近江教化に努められたが、念仏の教えが盛んになった為、寛政6年（1465）比叡山の僧徒たちが本願寺を襲い、破却した。
　このため蓮如上人は金ヶ森（守山市）の道西の元に逃れる途路、当寺第10代津田近江守昌国が上人を当寺に包い、僧徒の追走を阻むことがあり、その後蓮如上人はしばしば当寺にてご化導され、昌国はその化導により上人の弟子となり、法名を光念と賜り、本願寺に帰属する。
　室町時代後期の戦乱で灰塵と帰し、空地となっていた当地に天正2年（1574）当寺第13代了永が本堂を再建し、新たに妙心寺と号す。
　徳川秀忠時代の元和元年（1615）西本願寺第12代門主進如上人より、当寺第16代了甫に光明寺の号を賜る。以後本山の別院となり、渋川御坊と称され膳所藩の藩主名代として触れ頭寺院の役割を果たし、飢饉の時は水奉行としての役割を代行したりした。
　明治維新により寺院制度の改革により明治13年（1880）一般末寺となり真宗興正派に属し現在に至る。