　この辺りの地名を「丸山」とも「城山」ともいい、ここには今から500年ほど前の室町時代から「馬籠城（砦）」があったことが記されている。
　戦国動乱の時代、馬籠は武田信玄の領地となるが、武田氏滅亡後、織田信長の時代を経て、豊臣秀吉傘下の木曽義昌の治めるところとなる。
　天正12年（1584）3月、豊臣秀吉・徳川家康の両軍は小牧山に対峙した。秀吉は徳川軍の攻め上がることを防ぐため、木曽義昌に木曽路防衛を命じた。義昌は兵300を送って山村良勝に妻籠城を固めさせた。馬籠城は島崎重通（島崎藤村の祖）が警備した。
　天正12年9月、徳川家康は、飯田の菅沼定利・高遠の保科正直・諏訪の諏訪頼忠らに木曽攻略を命じた。三軍は妻籠城を攻め、その一部は馬籠に攻め入り馬籠の北に陣地を構えた。
　馬籠を守っていた島崎重通はあまりの大軍襲来に恐れをなし、夜陰に紛れて木曽川沿いに妻籠城へ逃れた。このため馬籠の集落は戦火から免れることができた。
　今、三軍の陣地を敷いた馬籠集落の北の辺りを「陣場」という。
　慶長5年（1600）、関ヶ原の戦いで天下を制した家康は、木曽を直轄領としていたが、元和元年（1615）尾州徳川義直の領地となり、以後戦火の無いまま馬籠城は姿を消した。