　近世初頭、慶長から元和年間（1596-1623）に宿駅が設定整備された。木曽氏の家臣古畑十右衛門の屋敷があったこの地が、諸大名・幕府の役人・公家・高僧など公の宿泊施設である薮原宿の「本陣」となった。
　安政年間（1854-59）の記録によれば、間口14間半（約26m）、奥行21間半（約39m）の敷地（約310坪）で、その中に40余坪の中庭があった。街道に面して間口6間半に門を構え、番所・厩・玄関付の屋敷で、部屋数は上段の間を含め20余であった。南寄り間口8間が本陣古畑氏（6代より寺島と改姓）の居宅となっていたが、宿泊者が多いと共用した。
　薮原宿の本陣は、中山道難所の一つだった鳥居峠の麓に位置し、宿泊する者が多い故か規模は木曽の中では大きい方である。
　文久元年（1861）には皇女和宮もこの本陣に宿泊した。